A pesar de que el modelo atómico de Rutherford ha sido muy importante en la historia de la Química y de que fue universalmente aceptado, presenta dos dificultades.
Científicos como Thomson, Rutherford, Bohr, De Broglie, Heisenberg y Schrödinger han modificado progresivamente las ideas que se tenían sobre la estructura electrónica de los átomos y las han adaptado a los nuevos descubrimientos.
El físico danés Niels Böhr había estudiado con detalle el modelo atómico del hidrógeno propuesto por su profesor Ernest Rutherford y sabía perfectamente que, adoptando las ideas clásicas sobre la emisión de radiación, no podía explicar su espectro.
El mismo año que Rutherford presentaba su modelo atómico, N. Bohr se incorporó a su laboratorio.
La explicación de estas desviaciones obligó a Rutherford a postular un modelo atómico completamente nuevo.
La segunda dificultad que presenta el modelo atómico de Rutherford es que no proporciona una imagen correcta de cómo están situados los electrones.
Por ello, en el modelo atómico de Rutherford los electrones deberían emitir radiación y, consecuentemente, perder energía.
Rutherford razonó los experimentos de Geiger y Marsden de esta manera: el número de partículas α que atraviesan la lámina de oro sin desviarse permite suponer que pasan libremente a través de los átomos de oro y que, en consecuencia, éstos están prácticamente vacíos.
Rutherford, por ejemplo, se sirvió de la teoría planetaria copernicana para representar el átomo.
Según el modelo de Rutherford, toda la carga positiva y la mayor parte de la masa del átomo se concentran en el núcleo.
Según el modelo atómico de Rutherford, en el núcleo queda concentrada toda la carga positiva y prácticamente toda su masa.
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