Como Felipe II no podía violar los fueros aragoneses, acusó a Antonio Pérez de un falso delito de herejía para que pudiera detenerlo la Inquisición, cuyas actuaciones no estaban limitadas por ninguna jurisdicción territorial.
En la Península, las dos instituciones con competencias en asuntos americanos en tiempos de los Austrias fueron quedando obsoletas a raíz de las reformas políticas y económicas llevadas a cabo: a El Consejo de Indias solo mantuvo limitadas funciones judiciales y de asesoramiento, ya que las restantes las habían ido asumiendo las Secretarías correspondientes.
Lateralmente las vías estaban a menudo limitadas por hileras de piedra y por cunetas destinadas a recoger el agua de la calzada.
No obstante, las competencias del rey eran amplias (máxima jefatura militar, legislación, instancia superior de justicia, etc.), aunque en la práctica estaban muy limitadas por el poder de la nobleza y la Iglesia.
Todas estas circunstancias propiciaron la aparición de un considerable número de nuevos proyectos urbanísticos, pero durante la primera mitad del siglo las realizaciones prácticas fueron muy limitadas.
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