A Felipe II no le gustó que el martirio se relegara a un segundo plano, aunque en el primero El Greco había retratado a importantes militares contemporáneos, con la intención tal vez de equiparar su lucha contra la herejía con la de San Mauricio.
Como Felipe II no podía violar los fueros aragoneses, acusó a Antonio Pérez de un falso delito de herejía para que pudiera detenerlo la Inquisición, cuyas actuaciones no estaban limitadas por ninguna jurisdicción territorial.
Pero Felipe II adoptó también toda una serie de medidas para preservar a España de la herejía : se prohibió cursar estudios en universidades extranjeras y la importación de libros extranjeros, se público un índice de libros prohibidos y se exigió licencia del Consejo de Castilla para editar libros religiosos.
Seguidamente reunió un sínodo de obispos de las diferentes provincias de España y de la Galia para condenar la herejía arriana.
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