El calentamiento global, los huracanes y algunas enfermedades de los corales han modificado la composición de los arrecifes, haciendo peligrar algunas especies, como los corales cuerno.
El uso de las artes de arrastre y la contaminación han incrementado la turbidez en el agua, con el consiguiente impacto en los ecosistemas de prados de fanerógamas marinas y arrecifes coralinos.
La sobreexplotación pesquera provoca una reducción de especies, muchas herbívoras, lo cual ha generado la proliferación de algas en algunos arrecifes, que a su vez ha alterado el dinamismo ecológico.
La zona litoral situada en las proximidades de las desembocaduras de los ríos es una de las regiones marinas de mayor biomasa, junto con las aguas litorales polares y los arrecifes de coral.
Los mayores índices de biodiversidad se localizan en los trópicos, sobre todo en los bosques tropi cales húmedos, y en los arrecifes de coral.
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