En algunas ocasiones, la materia orgánica puede quedar sepultada en condiciones anaerobias y sufrir una transformación química.
En estas condiciones de falta de aire (condiciones anaerobias), los compuestos orgánicos fueron perdiendo los elementos volátiles (el oxígeno y el hidrógeno) y, finalmente, quedaron carbonizados.
En las últimas fases de la eutrofización, al no haber oxígeno en el agua, el fondo se enriquece de bacterias anaerobias que fermentan la materia orgánica liberando sustancias tóxicas y malolientes, mientras que en la superficie se desarrollan cianobacterias que tiñen de color verde la superficie.
Posteriormente, quedaron sometidos a grandes presiones y a temperaturas elevadas en condiciones anaerobias.
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