Durante su vida no logró que sus ideas se aceptaran; incluso, el editor de su principal obra insertó en ella un prefacio donde presentaba las tesis heliocéntricas como meras hipótesis.
Las prácticas que provocaron más rechazos fueron dos en particular: a El requerimiento que, previo a la conquista, se hacía a los indios para que aceptaran la soberanía española si no querían ser sometidos por las armas.
Tras años de perseverancia y seguimiento, fue ganándose su confianza hasta conseguir que la aceptaran como un miembro más de su comunidad, lo que le dio la oportunidad de adentrarse en su mundo y presenciar comportamientos insospechados de estos animales.
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